Für seine Kompositionen wurde Anton Prestele mehrfach ausgezeichnet. Er ist Kunstpreisträger der Städte Graz und Schrobenhausen, erhielt das Österreichische Staatsstipendium für Komponisten und 1991 den "Belvedere-Preis" der Austria Tabake Wien für seine Komposition "ich aber/ aus dem dreck herr/ schreie ich zu Dir". In Zusammenarbeit mit dem Medienkünstler Uwe Buchter bekam er für seine Nietzsche-Interpretation der "Dionysos-Dithyramben" im Herbst 2001 den "Digital Contact Award 2001" des Landes Baden-Württemberg.